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做好儀器的保養與維護，關系到儀器的完好率、使用率和實驗分析的成功率。一旦儀器吸附灰塵、污垢、色譜柱老化，不僅影響儀器的本身性能，縮短使用壽命，直接影響分析檢測準確性。所以氣相色譜儀清掃工作很重要！
灰塵附著在氣相色譜儀進樣口上會造成樣品差異，六通閥等運動部件上有灰塵會增大磨損或定量不準確，電器上有灰塵，嚴重者會造成短路、漏電，嚴重者會使儀器報廢。
清除灰塵的方法很多，主要應依灰塵附著表面的狀況及其灰塵附著的程度而定。在溫濕度適宜的氣相色譜儀實驗室中，若灰塵較少或灰塵尚未受潮結成塊斑，可用干布拭擦，毛巾撣刷，軟毛刷刷等方法，清除一般儀器上的灰塵；對儀器內部的灰塵可用皮唧、洗耳球式打氣TONG吹氣除塵，也可用迷你吸塵器吸塵；對色譜儀角、縫中的灰塵可將上述幾種方法結合起來除塵。
注意：對于氣相色譜儀檢測器來說，在日常中應把防塵帽長期置于檢測器上防塵。而儀器上的后開門電機應在安全斷電的情況下進行。
在氣相色譜儀使用中不可避免的會沾上待測化學品、膠液、汗漬等污垢，在貯藏保管不慎時會產生銹蝕、霉斑，這些污垢對儀器的壽命、性能會產生極其不良的影響。特別是對于一些未知化學品、腐蝕性樣品、揮發性樣品、反應性樣品等色譜儀分析，更應該嚴格按照操作分析規程進行，防止樣品對儀器的污染和腐蝕損壞，其清洗的目的就在于除去儀器上的污垢。
實驗室氣相色譜儀的清洗有兩類方法:
(一)機械清洗方法：用鏟、刮、刷等方法清洗；
(二)化學清洗方法：用各種化學去污溶劑清洗。具體清洗方法要依污垢附著表面的狀況以及污垢的性質決定；
清潔干凈的儀器，實驗室分析人員會產生一種視覺美感，工作氛圍更好。
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